Potem, ko je 30. januarja 1933 Adolf Hitler postal kancler, je Todt postal glavni inšpektor za nemške ceste in je bil udeležen v novem podjetju za gradnjo nemških avtocest. Pozneje je postal direktor urada za inženiring Nacionalnega direktorata NSDAP in generalni upravnik za pravilnike o industrijski gradnji.

Todt je imel poseben položaj in ni odgovarjal nobenemu ministrstvu Tretjega rajha. 1935 je napredoval v general majorja nemške Luftwafe. Njegovo delo pri nemških avtocestah je Hitler nagradil z Nemško nacionalno nagrado za umetnost in znanost, kar je bil nemški ekvivalent Nobelove nagrade, ki jo je Hitler Nemcem prepovedal uporabiti 1936.

Leta 1937 je ustanovil Organizacijo Todt (OT), v kateri je združil državne firme, privatna podjetja in Reichsarbeitdienst (delovne brigade), da bi gradili zahodni zid, kasneje preimenovan v Siegfriedovo linijo za obrambo pred Francijo.

17. marca 1940 je postal minister za oboroževanje, še naprej je nadzoroval delovanje OT na zasedenih zahodnih ozemljih. 1941 po invaziji na Sovjetsko zvezo je bil napoten kot nadzornik obnove infrastrukture na vzhodu. Istega leta se je precej distanciral od poveljnikov vojske in še posebej od Hermanna Goringa, šefa Luftwafe.  Še vedno pa je ostal v tesnih stikih s Hitlerjem, kar ostalim visokim Nacistom ni bilo pogodu. Po pregledu zasedenih ozemelj na vzhodu je Hitlerju predlagal, da v kolikor ne izboljšajo opreme in logistike, lahko kar zaključijo vojno s SZ.

Hitler je njegov predlog seveda zavrnil. 8. februarja 1942, ko je z letalom vzletel z letališča pri Rastenburgu v bližini Volčjega brloga, štaba na vzhodu, je njegovo letalo strmoglavilo. Nasledil ga je Albert Speer, ki bi kmalu bil tudi sam na istem letalu.

OT je za prisilno delo uporabila na milijone ljudi iz zasedenih območij, za kar je 1946 Albert Speer v Nurembergu dobil 20 let zaporne kazni.